Minister določi izvajalce ciljnega raziskovalnega programa in obvesti predlagatelje o rezultatih izbora.
O uvrstitvi že potekajočega raziskovalnega ali razvojnega projekta v ciljni, raziskovalni program ministrstvo obvesti odgovornega nosilca projekta, naročnika in sofinancerja ter programski odbor ciljnega raziskovalnega programa.
Prenos se opravi z zatečenim obsegom in časom trajanja projekta. Programski odbor sme po lastni presoji in v okviru odobrenih sredstev ciljnega raziskovalnega programa po dogovoru z odgovornim nosilcem prenesenega projekta predlagati spremembo časa trajanja, obsega dela in stroške projekta do 15%.