Program se izvaja na podlagi veljavne dispozicije in v okviru pogodbenih določil za posamične projekte, druga programirana udejstvovanja in pokrivanje režijskih stroškov ciljnega raziskovalnega programa.
Sopodpisnik pogodb o izvedbi ciljnega raziskovalnega programa je vedno tudi vodja ciljnega raziskovalnega programa.
Sopodpisnik pogodb za projekte, ki so financirani s strani drugih ministrstev, je tudi pooblaščena oseba tega ministra.