Za obravnavanje in odločanje o vprašanjih s področja strokovnega dela ZRS, Koper se oblikuje znanstveni svet.
Znanstveni svet v okviru pooblastil, določenih v statutu:
Direktor je član znanstvenega sveta po funkciji in ne more biti izvoljen za predsednika.
Za člana znanstvenega sveta je lahko imenovan znanstveni svetnik, raziskovalno-razvojni svetnik, višji znanstveni sodelavec, višji raziskovalno-razvojni sodelavec, vodja notranje organizacijske enote in vodja programa.
S statutom se določijo pristojnosti znanstvenega sveta in način imenovanja članov.