Dejavnost ZRS Koper v skladu z uredbo o uvedbi in uporabi standardne klasifikacije dejavnosti (Uradni list RS, št. 2/02) se glasi:
DE/22.11 Izdajanje knjig,
DE/22.13 Izdajanje revij in periodike,
DE/22.15 Drugo založništvo,
G/52.471 Dejavnost knjigarn,
K/73.101 Raziskovanje in eksperimentalni razvoj na področju naravoslovja,
K/73.102 Raziskovanje in eksperimentalni razvoj na področju tehnologije,
K/73.103 Raziskovanje in eksperimentalni razvoj na področju kmetijstva in sorodnih dejavnosti
K/73.201 Raziskovanje in eksperimentalni razvoj na pdročju družboslovja,
K/73.202 Raziskovanje in eksperimentalni razvoj na področju humanistike,
K/74.14 Podjetniško in poslovno svetovanje,
K/74.871 Prirejanje razstav, sejmov in kongresov,
M/80.422 Drugo izobraževanje,
O/92.511 Dejavnost knjižnic.
ZRS Koper kot multidisciplinarni javni raziskovalni zavod, povezan z visokošolskimi organizacijami v okviru programa dela ZRS Koper izvaja kot javno službo raziskovalne programe, ki predstavljajo zaokroženo področje raziskovalnega dela, za katerega je pričakovati, da bo v svetu aktualen še v naslednjem desetletju in je hkrati za Slovenijo tako pomembno, da obstaja državni interes, da se na tem področju dolgoročno raziskuje. Inštitut opravlja temeljno in aplikativno raziskovanje ter skrbi za razvoj in delovanje infrastrukture v okviru Nacionalnega raziskovalnega programa.
ZRS Koper vključuje v mednarodno znanstveno sodelovanje in se povezuje s sorodnimi organizacijami po svetu.