Dejavnost ZRS Koper v skladu z uredbo o uvedbi in uporabi standardne klasifikacije dejavnosti (Uradni list RS, št. 2/02) se glasi:
ZRS Koper kot multidisciplinarni javni raziskovalni zavod, povezan z visokošolskimi organizacijami v okviru programa dela ZRS Koper izvaja kot javno službo raziskovalne programe, ki predstavljajo zaokroženo področje raziskovalnega dela, za katerega je pričakovati, da bo v svetu aktualen še v naslednjem desetletju in je hkrati za Slovenijo tako pomembno, da obstaja državni interes, da se na tem področju dolgoročno raziskuje. Inštitut opravlja temeljno in aplikativno raziskovanje ter skrbi za razvoj in delovanje infrastrukture v okviru Nacionalnega raziskovalnega programa.
ZRS Koper vključuje v mednarodno znanstveno sodelovanje in se povezuje s sorodnimi organizacijami po svetu.