Izobraževalno dejavnost vodi in usklajuje svet za izobraževanje, ki ga sestavljajo predstojniki kateder Medicinske fakultete, ki so zaposleni v KC.
Svet za izobraževanje vodi predsednik, ki ga izvolijo člani sveta za izobraževanje s soglasjem strokovnega direktorja KC in dekana Medicinske fakultete.
Naloge in pristojnosti sveta za izobraževanje določi statut KC.