Če se je davčni zavezanec, ki je v preteklem letu plačeval akontacije prometnega davka po 1., 2., 4. in 5. točki prvega odstavka 32. člena tega zakona, odločil, da bo v prihodnjem letu plačeval akontacije prometnega davka po 3. točki navedenega odstavka, mora znesek vračunanega davka za blago, ki je bilo v zalogi na dan 31. decembra preteklega leta v prodajalni ali drugi poslovni enoti, vplačati ob predložitvi dokončnega obračuna prometnega davka.
Če se je davčni zavezanec, ki je v preteklem letu plačeval akontacije prometnega davka po 3. točki prvega odstavka 32. člena tega zakona, odločil, da bo v prihodnjem letu plačeval akontacije prometnega davka po 1., 2., 4. in 5. točki omenjenega odstavka, lahko za znesek vračunanega prometnega davka za proizvode, ki so bili v zalogi na dan 31. decembra predhodnega leta v prodajalni ali drugi poslovni enoti, ob predložitvi dokončnega obračuna za tekoče leto vloži zahtevo za vračilo zneska prometnega davka ali ga uporabi kot akontacijo za tekoče leto.
Če se je davčni zavezanec, ki opravlja promet proizvodov na debelo ali opravlja storitve, ki je v preteklem letu plačeval akontacije prometnega davka po plačanih prodanih proizvodih oziroma plačanih storitvah, odločil, da bo v prihodnjem letu plačeval akontacije po izdanih računih, mora dokončni obračun davka sestaviti po plačanih prodanih proizvodih oziroma plačanih storitvah, znesek prometnega davka, vsebovan v neizterjanih terjatvah na dan 31. decembra predhodnega leta, pa vplačati ob predložitvi dokončnega obračuna. Če je davčni zavezanec v preteklem letu plačeval akontacije prometnega davka po izdanih računih, za tekoče leto pa se je odločil, da bo akontacije prometnega davka plačeval po plačanih prodanih proizvodih oziroma plačanih storitvah, mora dokončni obračun prometnega davka sestaviti po izdanih računih, za znesek prometnega davka, vsebovan v terjatvah na dan 31. decembra predhodnega leta, pa vložiti zahtevo za vračilo prometnega davka ob predložitvi dokončnega obračuna ali ga uporabiti kot akontacijo za tekoče leto.
Preveč plačani prometni davek se vrne v petih dneh potem, ko davčni organ ugotovi utemeljenost pisnega zahtevka za vračilo prometnega davka.