Davčni zavezanec dokončno obračuna prometni davek za preteklo leto na podlagi podatkov o vrednosti prodanih in plačanih proizvodov in vrednosti opravljenih in plačanih storitev s stanjem na dan 31. decembra tistega leta, za katero sestavlja obračun. Za plačane prodane proizvode oziroma realizirana plačila za opravljene storitve se štejejo plačani prodani proizvodi in opravljene storitve, navedene v 31. in 35. členu tega zakona.
Davčni zavezanec - pravna oseba predloži dokončni obračun skupaj z letnim obračunom, davčni zavezanec - zasebnik pa skupaj z napovedjo davka od dohodkov iz dejavnosti.
Davčni zavezanec predloži z dokončnim obračunom prometnega davka tudi naloge za vplačilo razlike oziroma dokazilo o vplačilu razlike, če so vplačane akontacije prometnega davka manjše od zneska davčne obveznosti, določene s tem obračunom, za več vplačane zneske pa lahko vloži zahtevo za vračilo prometnega davka ali pisno obvestilo, da bo za več vplačane zneske zmanjšal naslednjo akontacijo.
Preveč plačani prometni davek se vrne v petih dneh potem, ko davčni organ ugotovi utemeljenost pisnega zahtevka za vračilo prometnega davka.