Letni načrt monitoringa izdelajo nosilci monitoringa do 30. junija tekočega leta za naslednje koledarsko leto in ga začnejo izvajati, ko ga potrdita pristojna ministra.
Nosilec monitoringa s področja pristojnosti ministrstva za zdravstvo je Inštitut za varovanje zdravja Republike Slovenije, ki mora imeti zaposleno osebje z ustrezno izobrazbo in z izkušnjami za izdelavo ocene izpostavljenosti prebivalstva Republike Slovenije pesticidom, zaužitim preko živil.
Nosilca monitoringa s področja pristojnosti ministrstva za kmetijstvo sta Veterinarska uprava Republike Slovenije in Kmetijski inštitut Slovenije.
Nosilec monitoringa lahko zagotavlja izvajanje analiz pesticidov sam v lastnem ali drugem imenovanem preskusnem laboratoriju.
Nosilci monitoringa morajo podatke iz monitoringa posredovati Inštitutu za varovanje zdravja, za namen izdelave ocene tveganja in ocene ogroženosti javnega zdravja.
Podatki o monitoringu morajo biti v ustrezni obliki na razpolago obema pristojnima ministrstvoma.