Za izvajanje tega sporazuma pogodbenici ustanovita mešano komisijo šestih oseb, v katero tri člane imenuje Ministrstvo za znanost in tehnologijo Republike Slovenije in tri Državni komite Ruske federacije za visoko šolstvo.
V okviru mešane komisije bosta pogodbenici določali osnovne usmeritve znanstveno-tehnološkega in izobraževalno-metodološkega sodelovanja ter usklajevali dela na skupnih znanstvenih in tehnoloških projektih.
Srečanja mešane komisije so praviloma enkrat letno, izmenično v Republiki Sloveniji in Ruski federaciji.