Če so končani postopki iz člena 3, začne ta protokol veljati 1. januarja 2003. Če ti postopki niso pravočasno končani, začne veljati prvi dan prvega meseca po datumu, ko se pogodbenici uradno obvestita, da so postopki končani.
Količine blaga, za katere veljajo carinske kvote in so sproščene v prosti promet s 1. januarjem 2003 v okviru koncesij, predvidenih v Prilogi A(b) k Uredbi (ES) št. 2475/2000 in Prilogi 1 in 2 k Uredbi o izvajanju Evropskega sporazuma o pridružitvi med Republiko Slovenijo na eni strani in Evropskimi skupnostmi ter njihovimi državami članicami, ki delujejo v okviru Evropske unije, na drugi strani, v delu, ki se nanaša na trgovino in začasni uporabi zapisnika trgovinskega pogajanja med Komisijo in Republiko Slovenijo o novih vzajemnih koncesijah v kmetijstvu (Bruselj, 22.5. 2000) (Uradni list RS, št. 116/2002), se v celoti upoštevajo v količinah, predvidenih v Prilogi A(b) in B(b) k temu protokolu, razen količin, za katere so bila uvozna dovoljenja izdana pred 1. januarjem 2003.