S pogodbo o sofinanciranju se podrobneje uredijo pravice in obveznosti med ministrstvom in univerzo oziroma samostojnim visokošolskim zavodom.
Ministrstvo pripravi predlog pogodbe najkasneje v 8 dneh od dneva, ko od univerze oziroma samostojnega visokošolskega zavoda prejme sklepe o izvolitvi kandidatov za asistente stažiste v naziv asistenta, pogodbe o zaposlitvi in pogodbe o izobraževanju.
Univerza oziroma samostojni visokošolski zavod mora podpisano pogodbo vrniti v 15 dneh po njenem prejemu, drugače se šteje, da ni bila sklenjena.