Če ministrstvo ugotovi, da sredstva niso bila porabljena v skladu s pogodbo, so univerze oziroma samostojni visokošolski zavodi dolžni vrniti izplačana sredstva v celoti v skladu s sklepom ministra.
Če asistent stažist ne konča študija v času sofinanciranja iz 14. člena tega pravilnika, so univerze oziroma samostojni visokošolski zavodi dolžni vrniti polovico izplačanih sredstev v skladu s sklepom ministra.
Če asistentu stažistu delovno razmerje preneha zaradi izjemnih okoliščin, minister s posebnim sklepom lahko odloči, da univerzam oziroma samostojnim visokošolskim zavodom sredstev ni treba vrniti.