Zavod sklepa pogodbe z zdravstvenimi zavodi in drugimi zavodi ter organizacijami, ki opravljajo zdravstveno dejavnost, in z zasebnimi zdravstvenimi delavci na podlagi njihovih ponudb za uresničevanje programov in storitev, ki jih zbere na podlagi razpisa. Zdravstveni zavod oziroma drug zavod ali organizacija, ki opravlja zdravstveno dejavnost, oziroma zasebni zdravstveni delavec, ki ni bil izbran, lahko zahteva, da o izbiri odloči arbitraža iz drugega odstavka 63. člena tega zakona.
Pogodbe določajo vrste, obseg in kakovost ter roke za uresničevanje programa oziroma zdravstvenih storitev na podlagi strokovnih standardov za posamezni zavod oziroma organizacijo v celoti ali po dejavnostih oziroma za zasebnega zdravstvenega delavca.
V pogodbi se določijo cene programov oziroma storitev, način obračunavanja in plačevanja ter nadzor nad uresničevanjem pogodbe kakor tudi druge medsebojne pravice in obveznosti pogodbenih strank.
Pri določanju roka plačil zdravstvenim zavodom in zasebnim zdravstvenim delavcem ter višine zamudnih obresti se uporabljajo določbe zakona o obligacijskih razmerjih.