Urad, pristojen za nadzor, kakovost in investicije v zdravstvu, lahko, če obstajajo razlogi za sum, da so nastale nepravilnosti v zvezi z organizacijo ali strokovnostjo delovnega procesa ali nepravilnosti v zvezi s kakovostjo in varnostjo dela zdravstvenih delavcev, zdravstvenih sodelavcev ali zdravstvenih storitev pri izvajalcu zdravstvene dejavnosti, ki zahtevajo celovit strokovni in upravni nadzor, odredi sistemski nadzor.
Sistemski nadzor pomeni sočasno izvedbo upravnega in strokovnega nadzora s svetovanjem po tem zakonu, lahko pa k sočasni izvedbi nadzora urad, pristojen za nadzor, kakovost in investicije v zdravstvu, pozove tudi Zavod za zdravstveno zavarovanje Slovenije za nadzor po 83. členu tega zakona in inšpekcijske organe iz 83.a člena tega zakona. Na poziv urada, pristojnega za nadzor, kakovost in investicije v zdravstvu, posamezne pristojne zbornice oziroma strokovna združenja imenujejo za izvedbo strokovnega nadzora s svetovanjem svoje člane v komisijo za izvedbo sistemskega nadzora, ki jo imenuje urad, pristojen za nadzor, kakovost in investicije v zdravstvu. Izvedbo sistemskega nadzora vodi predsednik komisije za izvedbo sistemskega nadzora, ki je predstavnik ministrstva, pristojnega za zdravje, vsak član komisije pa izvaja nadzor v skladu s pooblastili in postopki izvajanja posamezne vrste nadzora.
[Opomba TFL: ZIUZDS določa, da sistemski nadzor odredi ministrstvo, pristojno za zdravje, ali javna agencija, pristojna za kakovost v zdravstvu, pri čemer se strokovni nadzor s svetovanjem, ki je del sistemskega nadzora, izvede kot izredni nadzor.]
Glede zaključka postopka sistemskega nadzora in glede vodenja evidence o izvedenih sistemskih nadzorih se uporabljajo določbe tega zakona, ki urejajo izvajanje upravnega nadzora.
Minister, pristojen za zdravje, v sodelovanju s pristojnimi zbornicami oziroma strokovnimi združenji določi postopek in način izvajanja sistemskega nadzora.