Osebna kontrola pri potnikih v zračnem prometu se praviloma opravlja izven letala, in sicer v prostorih mejnega prehoda. Kontrola ločene prtljage se opravlja na letališču v namembnem kraju ali na letališču v kraju odhoda.
Mejna kontrola na mejnih prehodih za zračni promet se opravlja pri vseh potnikih, na letih iz držav, ki niso države pogodbenice konvencije v skladu z zakonom, ki ureja nadzor državne meje (v nadaljnjem besedilu: pogodbenic), ki vstopajo v Republiko Slovenijo oziroma prestopajo na notranje lete.
Pri potnikih, ki vstopajo oziroma prestopajo iz notranjih letov na lete za države, ki niso pogodbenice, se mejna kontrola opravi pri izstopu na letališču, s katerega ima odhod zunanji let.
Mejna kontrola pri vstopu v Republiko Slovenijo se opravlja tudi v primeru, če gre za notranje lete letal, ki so pred tem prileteli iz držav, ki niso države pogodbenice in so imeli en ali več postankov na območju držav pogodbenic, kjer ni bil dovoljen vstop potnikov na letalo. Mejna kontrola se ne opravlja pri potnikih, ki letijo na notranjih letih brez vmesnega pristanka na ozemlju države, ki ni pogodbenica konvencije.
V primeru notranjih letov letal, ki so pred tem prileteli iz držav, ki niso države pogodbenice in na katere vstopajo in izstopajo potniki na letališčih na območju držav pogodbenic ter letijo na območju držav pogodbenic se mejna kontrola opravi pri vseh potnikih, ki vstopajo in izstopajo.
V primerih, če mora letalo v meddržavnem prometu zaradi višje sile, velike nevarnosti ali na uradno zahtevo pristati na letališču, kjer ni mejnega prehoda, potrebuje za nadaljevanje leta soglasje organa, ki je pristojen za opravljanje mejne kontrole, ter carinskega organa. Enako velja v primeru, ko tuje letalo pristane brez dovoljenja.
Mejna kontrola letalskega osebja se opravlja po splošnih načelih. Pri tem ima letalsko osebje prednost pred potniki, lahko pa se opravlja tudi na posebnih kontrolnih mestih. Če gre za osebo, ki jo policist pozna, se mejna kontrola lahko omeji na občasne kontrole.