Mejna kontrola v železniškem prometu se opravlja na območju mejnega prehoda za železniški promet ali med vožnjo v vlaku.
Pri opravljanju mejne kontrole v železniškem prometu se opravi kontrola potnikov, ki potujejo v železniškem prometu, uslužbencev železnice, vključno s tistimi, ki se vozijo v tovornih vlakih in drugih vlakovnih kompozicijah.
Železniška transportna organizacija mora poskrbeti, da je pri vsakem vlaku (potniškem ali tovornem) ves čas mejne kontrole, zadostno število pooblaščenih delavcev železniške organizacije, ki nudijo pomoč policistom in skrbijo za varnost pri izvajanju mejne kontrole na vlakih (potniških in tovornih).
Železniška transportna organizacija je dolžna obvestiti organ mejne kontrole o vseh dejstvih in okoliščinah, ki bi kakorkoli lahko vplivale na opravljanje mejne kontrole.
Če je potrebno istočasno opravljati mejno kontrolo na večih vlakih imajo vlaki, ki vozijo v mednarodnem prometu prednost pred vlaki, ki vozijo v meddržavnem prometu, potniški vlaki pred tovornimi, redni vlaki pred izrednimi ter vstopni vlaki pred izstopnimi. V teh primerih mora železniška transportna organizacija poskrbeti, da potniki ostanejo v vlaku, dokler se ne opravi mejna kontrola.