Mejna kontrola se opravi takoj po prihodu prevoznega sredstva oziroma potnika na mejni prehod. Če je treba se lahko opravi kontrola tudi v samem prevoznem sredstvu, med vožnjo ali na drugem določenem kraju. Potniki, ki potujejo z osebnimi vozili, morajo med opravljanjem mejne kontrole praviloma ostati v vozilu. Za potnike, ki državno mejo prečkajo v avtobusnem prometu se praviloma mejna kontrola opravi v prostorih mejnega prehoda, izjemoma pa na avtobusu, če objekt mejnega prehoda ne dopušča kontrole v prostorih mejnega prehoda.
Policisti mejno kontrolo na mejnem prehodu praviloma opravljajo izven kabine, neposredno ob vozilu. Temeljita mejna kontrola se praviloma opravi na za to predvidenih mestih na območju mejnega prehoda.
Ob vstopu v Republiko Slovenijo se mejna kontrola v skladu z zakonom, ki ureja nadzor državne meje praviloma opravlja prva (pred carinsko in drugo kontrolo), ob izstopu iz nje pa zadnja.
Če je cestni promet gost imajo pri mejni kontroli prednost potniki v avtobusih, ki vozijo po voznem redu v potniškem lokalnem prometu.
Osebe, ki jih policist pozna osebno in za katere po prvi kontroli ve, da zanje niso razpisani ukrepi ne v schengenskem informacijskem sistemu in ne v nacionalnem informacijskem sistemu, ter da imajo veljaven dokument za prestop državne meje, se le občasno kontrolira ali imajo pri sebi dokument za prestop meje. To velja predvsem za osebe, ki pogosto prehajajo državno mejo na istem prehodu. Zoper te osebe pa je potrebno nepričakovano in v občasnih presledkih izvesti temeljito mejno kontrolo.