Organ upravljanja javnega zavoda je svet zavoda.
Svet zavoda šteje sedem članov, od tega:
Predstavnike ustanovitelja v svet zavoda imenuje Vlada Republike Slovenije, izberejo pa se na podlagi javnega poziva ministrstva, pristojnega za visoko šolstvo. Če se na navedeni javni poziv ne prijavi dovolj kandidatov, ki izpolnjujejo pogoje iz javnega poziva, in je treba zagotoviti nemoteno delovanje sveta zavoda, ministrstvo, pristojno za visoko šolstvo, Vladi Republike Slovenije predlaga kandidate, ki izpolnjujejo pogoje iz javnega poziva, brez ponovljenega javnega poziva.
Predstavnika – študenta uporabnika knjižnice imenuje Študentski svet Univerze v Ljubljani, predstavnika delavcev zavoda izvolijo izmed sebe delavci na način, po postopku in pod pogoji, določenimi z zakoni in statutom zavoda.
Mandatna doba članov sveta zavoda je štiri leta, razen za predstavnika študenta uporabnika knjižnice, katerega mandatna doba je eno leto.
Člani sveta so lahko imenovani oziroma izvoljeni dvakrat zaporedoma.
Svet zavoda ima predsednika in njegovega namestnika. Predsednika imenuje svet zavoda izmed predstavnikov ustanovitelja.
Svet zavoda je konstituiran, če je imenovana oziroma izvoljena več kot polovica njegovih članov. Prvo sejo skliče direktor zavoda.