Če z drugimi ukrepi ni mogoče zagotoviti varnosti pred okužbo, je zaščita z zdravili (kemoprofilaksa) obvezna za osebe, ki so izpostavljene okužbi s tuberkulozo, davico, kolero, pljučno kugo, invazivno meningokokno okužbo, meningitisom, katerega povzročitelj je H.influenzae ter v določenih primerih za osebe, ki so bile v stiku z bolnikom z oslovskim kašljem, škrlatinko ali streptokokno angino.
Zaščita z zdravili je obvezna tudi za osebe, ki odhajajo na območja, kjer je malarija oziroma določene nalezljive bolezni, pri katerih obstajajo epidemiološki razlogi za zaščito z zdravili, in za osebe, ki prihajajo s teh območij.