Služba varuha človekovih pravic je organizirana v Uradu varuha človekovih pravic (v nadaljnjem besedilu: urad varuha).
Urad varuha vodi generalni sekretar varuha.
Urad varuha sestavljata:
Strokovna služba varuha opravlja strokovne naloge za varuha in namestnike varuha po posameznih področjih iz pristojnosti varuha, klasificira pobude, skrbi za potek obravnave pobud in obravnava pobude ter pripravlja mnenja, predloge in priporočila, izvaja preiskovalna dejanja ter izdeluje poročila o svojih ugotovitvah v zvezi s pobudami in posreduje pobudnikom informacije v zvezi z njihovimi pobudami.
Strokovno službo varuha vodi direktor strokovne službe, ki organizira in vodi delo uradnikov po navodilih varuha in namestnikov varuha.
Služba generalnega sekretarja opravlja samostojno ali v sodelovanju z zunanjimi sodelavci vse naloge na organizacijskem, pravnem, upravnem, materialnem, finančnem, kadrovskem področju, opravlja administrativno-tehnične, informacijske in druge naloge, ki so potrebne za delovanje Varuha.
Službo generalnega sekretarja vodi neposredno generalni sekretar varuha.