Zavod pridobiva sredstva na podlagi Programa dela zavoda, h kateremu je dala soglasje Vlada Republike Slovenije. Program je pripravljen za obdobje petih let in vsebuje:
-
znanstveno-raziskovalno usmeritev,
-
program raziskovalne dejavnosti, javne službe in dela za trg,
-
opredelitev infrastrukturnih programov,
-
fiksne stroške upravljanja javnega raziskovalnega zavoda,
-
program investicij in investicijskega vzdrževanja ter pridobivanja stvarnega premoženja,
-
fiksne stroške za financiranje instrumentalnih centrov in zbirk ter
-
sistemizacijo raziskovalnih, programskih in infrastrukturnih skupin.
Program dela zavoda pripravi direktor na predlog vodij organizacijskih enot ter vodij raziskovalnih in programskih skupin. Upravni odbor zavoda po predhodnem mnenju Znanstvenega sveta sprejme Program dela zavoda.
Zavod pridobiva sredstva za izvajanje nalog iz tretjega in četrtega odstavka 3. člena v skladu z merili ministrstva, pristojnega za rudarstvo, in ministrstva, pristojnega za okolje in prostor.