Na zavodu se oblikujejo raziskovalne skupine, ki predstavljajo posamezna raziskovalna področja. Člani raziskovalnih skupin se za izvajanje javne službe na področju raziskovalne dejavnosti povezujejo v programske skupine.
Zavod opravlja dejavnost tudi za druge naročnike v obsegu in na način, določen z letnim programom dela zavoda, ki je usklajen s Programom dela zavoda.
Zavod opravlja naloge iz tretjega odstavka in iz druge in tretje alineje četrtega odstavka 3. člena tega sklepa v skladu z letnim programom, ki ga pripravi ministrstvo, pristojno za rudarstvo. Zavod opravlja naloge geološke strokovne službe iz četrte in pete alineje četrtega odstavka 3. člena tega sklepa v skladu z letnim programom, ki ga pripravi ministrstvo, pristojno za okolje in prostor. Zavod opravlja naloge geološke strokovne službe iz prve in šeste alineje četrtega odstavka 3. člena tega sklepa v skladu z letnim programom, ki ga pripravi ministrstvo, pristojno za okolje in prostor, za del vsebin, ki se nanašajo na prostorsko načrtovanje in varstvo okolja in v skladu z letnim programom, ki ga pripravi ministrstvo, pristojno za rudarstvo, za del vsebin, ki se nanašajo na rudarstvo.
Izvajanje nalog iz programov iz prejšnjega odstavka in medsebojna razmerja med zavodom in posameznim ministrstvom se podrobneje uredijo s pogodbo.