Na začetku seje predsednik komisije ugotovi navzočnost članov oziroma njihovih namestnikov, jih seznani s predvideno vsebino in potekom seje, nato pa se preide na obravnavanje posameznih vlog prosilcev.
Člani se najprej podrobno seznanijo z vsebino vloge prosilca, nakar predsednik pozove prosilca, da se izjasni o zakonskih razlogih, zaradi katerih uveljavlja ugovor vesti vojaški dolžnosti ter predloži komisiji vse dokaze, s katerimi potrjuje svoje navedbe.
V postopku preverjanja navedb predsednik komisije nato po potrebi postavlja prosilcu dodatna vprašanja, ki so pomembna za razjasnitev vseh okoliščin, nato pa pozove tudi ostale člane komisije, da lahko prosilcu postavljajo vprašanja. Po končanem razgovoru se po potrebi opravijo še druga dejanja v postopku, ki so pomembna za ugotovitev vseh dejstev, na podlagi katerih se lahko odloča.
V primeru, da je potrebno za ugotovitev vseh dejstev in okoliščin, ki so pomembne za razjasnitev stvari opraviti še dodatna dejanja, teh pa ni možno izvesti na sami seji, predsednik komisije določi roke za izvedbo dejanj in nato predlaga, da se prekine z obravnavo konkretnega primera ter se nadaljuje, ko so ta dejanja opravljena.
Po končanem postopku ugotavljanja vseh dejstev predsednik komisije predlaga, da komisija opravi glasovanje in odloči o stvari, ki je predmet postopka.