Komisija dela in odloča na sejah. Vsi člani aktivno sodelujejo pri delu komisije, pri tem pa jih vodi in usmerja predsednik komisije.
Vsi člani komisije se najprej seznanijo z vsebino pisnih vlog, nato pa imajo pravico postavljati vprašanja prosilcem, s katerimi komisija opravlja razgovor ter zahtevati od njih pojasnila glede posameznih okoliščin, ki so pomembne za odločanje o priznanju pravice do ugovora vesti vojaški dolžnosti. Nadalje lahko predlagajo, da se v postopku preverjanja razlogov opravijo posamezna dodatna dejanja, če ocenijo, da je to potrebno za popolno razjasnitev posameznega primera pred odločanjem.
O vseh vprašanjih procesnega vodstva odloča predsednik komisije po predhodnem posvetovanju s člani.