V ugovoru o nepristojnosti stalne arbitraže lahko stranka ugovarja tudi neobstoj ali neveljavnost arbitražnega sporazuma.
Stranka lahko uveljavlja ugovore iz prvega odstavka najkasneje v odgovoru na tožbo, če gre za nasprotno tožbo, pa v odgovoru na nasprotno tožbo.
Če stranka uveljavlja ugovore iz prvega in drugega odstavka pred konstituiranjem senata, o njih odloči sekretar stalne arbitraže. Stranka lahko sklepu ugovarja v 8 dneh po njegovem prejemu. O ugovoru dokončno odloča predsedstvo stalne arbitraže.
Po konstituiranju senata o vseh ugovorih odloča senat, in sicer s posebnim sklepom ali pa odločitev vključi v razsodbo.
Ugovor, da arbitražni senat prekoračuje meje svoje naloge, mora stranka podati takoj, ko ta pokaže tak namen, t. j. takoj, ko začne obravnavati predmet, za katerega stranka meni, da presega njegova pooblastila.
Kadar je arbitražni sporazum del pogodbe, neveljavnost pogodbe ne vpliva na veljavnost arbitražnega sporazuma.
Če je stalna arbitraža sklenila, da ni pristojna, mora vse nastale stroške poravnati stranka, ki je sprožila postopek.