Za izvajanje hidrografske dejavnosti je odgovorno ministrstvo, pristojno za pomorstvo.
Naloge hidrografske dejavnosti v skladu z 31.c členom tega zakona izvaja Geodetski inštitut Slovenije po programu hidrografske dejavnosti.
Program hidrografske dejavnosti pripravi ministrstvo, pristojno za pomorstvo, v sodelovanju z Geodetskim inštitutom Slovenije. Program hidrografske dejavnosti je na predlog ministra vključen v program del inštituta in je sestavni del letnega programa državne geodetske službe po zakonu, ki ureja geodetsko dejavnost. V programu hidrografske dejavnosti se podrobneje določi naloge hidrografske dejavnosti in predvideno višino sredstev za njihovo izvajanje.
Delo Geodetskega inštituta Slovenije na področju hidrografske dejavnosti nadzira ministrstvo, pristojno za pomorstvo.