(1)
Denarna sredstva sistema EZR države oziroma občine upravlja ministrstvo, pristojno za finance, oziroma občinska uprava (v nadaljnjem besedilu: upravljavec sredstev sistema EZR) prek zakladniškega podračuna EZR. Zakladniški podračun (v nadaljnjem besedilu: ZP) se ne uporablja za izvrševanje proračunov subjektov, vključenih v sistem EZR, zato se upravljavec sredstev sistema EZR registrira pri Agenciji Republike Slovenije za javnopravne evidence in storitve (v nadaljnjem besedilu: AJPES) s svojo matično številko kot del ministrstva, pristojnega za finance, oziroma kot del občinske uprave. Hkrati pa Uprava Republike Slovenije za javna plačila vodi podatke upravljavca sredstev sistema EZR pod šifro zakladnice v registru proračunskih uporabnikov.
(2)
Upravljavec sredstev sistema EZR upravlja denarna sredstva sistema EZR, ki so denarna sredstva podračunov subjektov, vključenih v sistem EZR, in ZP.