Pri odločanju o izbiri koncesije se kot merila upoštevajo:
Prednostna merila so: višja stopnja strokovne izobrazbe, boljše finančne in organizacijske sposobnosti, boljši predlog organizacije nadzorne službe, višja lastna finančna udeležba v predlogu pridobivanja sredstev za upravljanje rezervata, višja dosedanja vlaganja v naravni rezervat Škocjanski zatok ter strokoven, učinkovit in realen predlog izvajanja programa varstva in razvoja naravnega rezervata Škocjanski zatok.
Med prednostnimi merili iz prejšnjega odstavka je najpomembnejše merilo (50 odstotkov točk): strokoven, učinkovit in realen predlog izvajanja programa varstva in razvoja naravnega rezervata Škocjanski zatok.