Sklad spremlja izvajanje investicij na podlagi sklenjenih pogodb in v odvisnosti od prejete oblike pomoči.
Ne glede na določila posamezne pogodbe lahko sklad kadarkoli po predhodni najavi preizkusi izvajanje pogodbe po upravno-pravni, tehnično-tehnološki in finančni plati.
Poleg običajnih določil posamezne pogodbe morajo kreditne pogodbe, pogodbe o izdaji poroštev in pogodbe o kapitalskem vlaganju obvezno vsebovati določila o načinu kontrole izvajanja projekta, o načinu in pogostosti obveščanja sklada ter o sankcijah zaradi neizpolnjevanja pogodbenih določil in nenamenske porabe sredstev.