Javni zavod vodi uprava.
Upravo sestavlja poslovni direktor in eden ali več programskih direktorjev.
Poslovni direktor vodi poslovanje zavoda, zastopa zavod in odgovarja za zakonitost dela zavoda.
Programski direktor vodi strokovno delo zavoda in odgovarja za strokovnost dela zavoda.
Akt o ustanovitvi javnega zavoda ali statut v skladu z aktom o ustanovitvi lahko določi, da ena oseba opravlja hkrati funkcijo poslovnega in programskega direktorja. V tem primeru mora direktor izpolnjevati pogoje za opravljanje obeh funkcij.