Direktorja zavoda imenuje in razrešuje svet zavoda s soglasjem ustanovitelja.
Direktor zavoda mora imeti visoko strokovno izobrazbo in najmanj pet let delovnih izkušenj.
Če poslovodna funkcija in funkcija vodenja strokovnega dela zavoda nista ločeni, mora imeti direktor visoko strokovno izobrazbo farmacevtske smeri.
Če sta poslovodna funkcija in funkcija vodenja strokovnega dela zavoda ločeni, vodi strokovno delo zavoda strokovni vodja, ki mora imeti visoko izobrazbo farmacevtske smeri in najmanj pet let delovnih izkušenj.