Zavod upravlja svet zavoda, ki ga sestavljajo predstavniki:
-
ustanovitelja;
-
delavcev zavoda, ki opravljajo lekarniško dejavnost;
-
uporabnikov.
Predstavnike uporabnikov imenuje Zavod za zdravstveno zavarovanje Slovenije.
Sestavo in številčno razmerje predstavnikov v svetu zavoda določi ustanovitelj z aktom o ustanovitvi zavoda.