Kot naravni spomeniki so zaradi svojih posebnih značilnosti kot vzorčni primer nekega naravnega pojava zavarovani tile deli parka:
1.
Mala dolina in Velika dolina do roba udornice;
2.
brezno Okroglica;
3.
stene in bregovi slepe doline Reke v dolžini in širini 150 m pred vhodom v Mahorčičevo dvorano;
4.
podzemne jame na območju parka:
-
Škocjanske jame (Škocjanski jamski splet);
-
Jama na Prevali II;
-
Mala jama na Prevali;
-
jama Škrlica;
5.
Kapnik v Lipjih jamah pri Divači.