Sklad upravlja upravni odbor. Upravni odbor ima predsednika in štiri člane, od katerih predsednika in dva člana imenuje in razrešuje Državni zbor Republike Slovenije, enega Vlada Republike Slovenije ion enega lokalna skupnost na območju katere stoji NEK.
Delo Sklada nadzoruje nadzorni odbor, ki ima predsednika in devet članov, ki jih imenuje in razrešuje Državni zbor Republike Slovenije.
Sklad zastopa in njegovo poslovanje vodi direktor Sklada, ki ga imenuje Vlada.
Nadzorni odbor enkrat letno poroča Državnemu zboru Republike Slovenije.