Nosilec monitoringa v sodelovanju z IVZ, Zdravstvenim inšpektoratom Republike Slovenije (v nadaljnjem besedilu: ZIRS), Uradom za kemikalije Republike Slovenije, Upravo Republike Slovenije za varstvo pred sevanji in predstavnikom upravljavcev vsako leto pripravi predlog letnega programa monitoringa za pitno vodo za naslednje leto, ki ga najpozneje do 31. oktobra posreduje v sprejem ministru, pristojnemu za zdravje.
Program mora določati mesta vzorčenja, pogostost vzorčenja, vzorčevalce in laboratorije, ki izvajajo preskušanje vzorcev. Izdelan mora biti v skladu s pogoji iz priloge II, ki je sestavni del tega pravilnika.
Vzorci iz posameznega sistema za oskrbo s pitno vodo morajo biti reprezentativni za pitno vodo, ki se uporablja prek celega leta.