FFS morajo biti skladiščena v skladu s pogoji, ki jih navajajo njihovi proizvajalci. FFS morajo biti zapakirana v njihovi originalni embalaži, varno in pregledno zložena in urejena po skupinah strupenosti oziroma nevarnosti in vrstah uporabe tako, da je v vsakem trenutku možen dostop do njih. V skladišču mora biti na vidnem mestu shema razporeditve FFS. Izvajati je potrebno redne kontrole stanja FFS in njihove embalaže.
FFS, označena s T+ (zelo strupeno), morajo biti shranjena ločeno od ostalih FFS in dodatno varovana.
Pri razporejanju FFS v skladišču je potrebno upoštevati pravila o nezdružljivosti posameznih FFS oziroma skupin eksplozivno (E), oksidativno (O), vnetljivo (F) in korozivno (C).