Minister lahko iz razlogov, ki so določeni v 52. členu EZ, z odločbo razveljavi energetsko dovoljenje. Imetnik energetskega dovoljenja pa lahko tudi sam zahteva razveljavitev energetskega dovoljenja.
V odločbi, izdani v postopku razveljavitve energetskega dovoljenja, se lahko energetsko dovoljenje razveljavi v celoti ali deloma tako, da se bistvene določbe iz energetskega dovoljenja spremenijo ali nadomestijo z novimi.