Čiščenje in dezinfekcija se sme izvajati samo pod uradnim nadzorom in v skladu z navodili veterinarskega išpektorja ter s sredstvi in koncentracijami, ki jih uradno potrdi VURS.
Postopki čiščenja in dezinfekcije okuženega gospodarstva v primeru izbruha kokošje kuge – Aviarne influenze so navedeni v prilogi II Direktive Sveta 92/40/EC.
Postopki čiščenja in dezinfekcije okuženega gospodarstva v primeru izbruha atipične kokošje kuge (Morbus Newcastle (New castle disease)) so navedeni v prilogi II Direktive Sveta 92/66/EEC.
Postopek čiščenja in dezinfekcije okuženega gospodarstva v primeru izbruha vezikularne bolezni prašičev so navedeni v 10. točki v prilogi II Direktive Sveta 92/119/EEC.
Ponovna vhlevitev živali v primeru izbruha vezikularne bolezni prašičev se sme izvesti v skladu z določili 11.točke priloge II Direktive Sveta 92/1197EEC.