Pomočnik direktorja je lahko razrešen pred potekom mandata:
Pred sprejemom sklepa o razrešitvi, na podlagi razlogov iz prejšnjega odstavka, mora direktor oziroma minister, kadar gre za pomočnika direktorja za področje Borštnikovega srečanja, pridobiti predhodno mnenje strokovnega sveta zavoda in seznaniti pomočnika direktorja o razlogih za razrešitev ter mu dati možnost, da se v roku 15 dni o njih izjavi. Če svet zavoda v roku 30 dni ne poda mnenja, se šteje, da se z razrešitvijo strinja.
Pomočniku lahko predčasno preneha mandat tudi v primeru predčasnega prenehanja mandata direktorju, razen v primeru pomočnika direktorja za področje Borštnikovega srečanja, katerega mandat ni vezan na mandat direktorja zavoda. O tem sprejme sklep novo imenovani direktor.
Pomočniki direktorjev odgovarjajo direktorju za strokovnost in zakonitost dela.