Sredstva iz tretje alinee 5. člena tega zakona se zagotavljajo ne glede na določbo drugega odstavka 7. člena o zdravstvenem varstvu in zdravstvenem zavarovanju (Uradni list RS, št. 9/92 in 13/93).
Vsi javni zdravstveni zavodi, katerih ustanovitelj je Republika Slovenija in so zajeti v program investicij po tem zakonu, obvezno odvajajo na poseben račun pri ministrstvu, pristojnem za zdravje, del amortizacije, ki je priznana v ceni njihovih storitev. Obvezno odvajanje se nanaša na amortizacijo stavb, s katerimi upravljajo javni zdravstveni zavodi in lahko znaša v povprečju največ 20% celotne amortizacije, priznane v cenah zdravstvenih storitev. Podrobno določi to obveznost minister, pristojen za zdravje. Namesto amortizacije se v ustrezni višini lahko uporabi kak drug vir sredstev javnega zdravstvenega zavoda za njegovo obvezno soudeležbo pri financiranju investicije.
Standarde prostorov in opreme iz 4. člena tega zakona mora minister, pristojen za zdravje predpisati do 31. 12. 2000, Vlada Republike Slovenije pa je te standarde dolžna upoštevati že pri določitvi letnega programa investicij za leto 2001.