(1)
Novi akti o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest, skladni s to uredbo, morajo biti sprejeti najkasneje v treh mesecih po začetku uporabe zakona o javnih uslužbencih, kot datum začetka uporabe pa se praviloma določi 1. januar 2004, ne pa datum, kasnejši od 1. aprila 2004. Za izdajo soglasij k tem aktom se ne uporablja rok za izdajo soglasja iz petega odstavka 3. člena te uredbe.
(2)
Akti o razporeditvi javnih uslužbencev na delovna mesta v skladu z akti iz prejšnjega odstavka se izdajo najkasneje do 30. novembra 2003, razporeditev pa začne učinkovati z dnem dokončnosti akta o razporeditvi, vendar ne pred začetkom uporabe sistemizacije. Do dokončnosti sklepa o razporeditvi se glede pravic in obveznosti posameznega javnega uslužbenca uporabljajo določbe prejšnje sistemizacije, ne glede na datum, ki je v novi sistemizaciji določen kot datum začetka uporabe nove sistemizacije.
(3)
Pri sprejemanju novega akta o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest se lahko uporabijo določbe zakona o javnih uslužbencih, ki urejajo prenehanje delovnega razmerja in premestitev iz poslovnih razlogov (drugi oddelek XXI. poglavja), pri čemer se pri uradnikih za premestitev iz poslovnega razloga šteje razporeditev na delovno mesto, ki se opravlja v nižjem nazivu od naziva, v katerega bi bil uradnik preveden glede na delovno mesto, ki ga je zasedal prej.
(4)
Najkasneje do 31. decembra 2004 morajo organi izvesti analizo funkcij in poslovnih procesov, ki se izvajajo v tem organu, in rezultatom analize prilagoditi svojo notranjo organizacijo in sistemizacijo.
(5)
Sektor ali služba iz tretje alinee drugega odstavka 18. člena, ki ob reorganizaciji prevzame naloge vladne službe ali organa v sestavi ministrstva, se lahko poimenuje urad.
(6)
Upravna enota Ljubljana lahko ohrani organizacijo po izpostavah do reorganizacije upravnih enot. Naloge na položaju vodje izpostave se opravljajo v nazivu III. stopnje.
(7)
Do racionalizacije števila policijskih uprav kot območnih organizacijskih enot Policije se številčni kriteriji za oblikovanje notranjih organizacijskih enot v policijskih upravah iz 36. člena te uredbe ne uporabljajo.