Za spremembe NRP, za katere je po ZIPRS potrebno pridobiti soglasje vlade, pripravi neposredni uporabnik gradivo za izdajo sklepa vlade in ga posreduje SIJNK v uskladitev. Neposredni uporabnik ga posreduje vladi skupaj s predhodno pridobljenim pozitivnim mnenjem MF k predlogu spremembe veljavnega projekta.
Za zmanjšanje vrednosti projekta ali za spremembe, ki so posledica ugotovitev drugačnega obsega financiranja projekta v preteklih letih, soglasje vlade ni potrebno.