Zbrane krvotvorne matične celice se dodatno predelujejo skladno z zahtevami dobre proizvodne prakse.
Krvotvorne matične celice se shranjujejo zmrznjene pri temperaturi od –80° C do –196° C, odvisno od uporabljenega krioprotektorja.
Prenehanje hranjenja krvotvornih matičnih celic za prejemnika odredi vodja Transplantacijskega centra in o tem pisno obvesti odgovornega zdravnika na Zavodu Republike Slovenije za transfuzijsko medicino, ki enkrat letno pripravi pregled stanja zmrznjenih shranjenih pripravkov krvotvornih matičnih celic in ga predstavi konziliju Transplantacijskega centra.
Z neuporabljenimi pripravki krvotvornih matičnih celic se ravna v skladu s pravilnikom o skladiščenju, oddaji, prevozu in odstranjevanju neuporabljene krvi in krvnih pripravkov (Uradni list RS, št. 100/02).