Za izvajanje te uredbe in uredb iz 1. člena te uredbe je pristojno Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, v delu, ki se nanaša na prehranska dopolnila, živila za posebne prehranske ali zdravstvene namene in na živila ali hrano v gostinski dejavnosti, institucionalnih obratih prehrane in obratih za prehrano na delu, pa Ministrstvo za zdravje.
Uradni nadzor nad izvajanjem te uredbe opravlja Inšpektorat Republike Slovenije za kmetijstvo, gozdarstvo in hrano, razen v delu, ki se nanaša na živila živalskega izvora, kjer izvaja uradni nadzor Veterinarska uprava Republike Slovenije.
Uradni nadzor nad izvajanjem te uredbe v delu, ki se nanaša na prehranska dopolnila, živila za posebne prehranske ali zdravstvene namene in živila ali hrano v gostinski dejavnosti, institucionalnih obratih prehrane in obratih za prehrano na delu, opravlja Zdravstveni inšpektorat Republike Slovenije.