Pri izvrševanju upravnih nalog nastopa organ skupne občinske uprave kot organ tiste občine, v katere krajevno pristojnost zadeva spada.
Organ skupne občinske uprave mora pri izvrševanju upravnih nalog ravnati po usmeritvah župana in nalogih tajnika občine, v katere krajevno pristojnost zadeva spada, glede splošnih vprašanj organiziranja in delovanja organa skupne občinske uprave pa po skupnih usmeritvah vseh županov občin, ki so organ skupne občinske uprave ustanovile.
Predstojnik organa skupne občinske uprave odgovarja za izvrševanje upravnih nalog, ki spadajo v krajevno pristojnost posamezne občine, županu in tajniku te občine, za delo organa skupne občinske uprave v celoti pa skupaj vsem županov občin, ki so organ skupne občinske uprave ustanovile.
O izločitvi predstojnika organa skupne občinske uprave ali zaposlenega v občinski upravi odloča tajnik občine, v katere krajevno pristojnost zadeva spada, ki v primeru izločitve predstojnika o stvari tudi odloči.