Zavod posluje preko računa zavoda za obvezno zdravstveno zavarovanje in računa zavoda za OZDO. Zavod ima tudi druge podračune za prispevke obveznega zdravstvenega zavarovanja in prispevke OZDO v skladu z zakonom.
Na račune območnih in področnih enot se razporejajo sredstva zavoda, v skladu s finančnim načrtom zavoda. Območne in področne enote iz teh računov plačujejo račune za opravljene zdravstvene storitve in druge izdatke ter za potrebe dela in poslovanja enote v skladu s finančnim načrtom in pogodbami.
Generalni direktor zavoda ali delavec, ki ga generalni direktor zavoda za to pooblasti, po načelu dobrega in skrbnega gospodarja in v skladu s predpisi, upravlja s prostimi denarnimi sredstvi na računu zavoda za obvezno zdravstveno zavarovanje in na računu za OZDO.
Zavod se lahko likvidnostno zadolži iz sredstev državnega proračuna za poslovanje zavoda v okviru finančnega načrta zavoda, o čemer odloča generalni direktor in o tem obvesti upravni odbor.
Zavod se lahko zadolžuje in izdaja poroštva pod pogoji, ki jih določajo veljavni predpisi, o čemer odloča upravni odbor zavoda.
Zavod se pri poslovanju s finančnimi sredstvi vključi v sistem enotnega zakladniškega računa pod pogoji in na način, kot to urejajo zakonski predpisi.