Zrakoplovi ministrstva se vpišejo v register zrakoplovov Republike Slovenije ali register vojaških zrakoplovov.
Za civilne zrakoplove ministrstva se uporabljajo splošni predpisi. Uporaba teh zrakoplovov je dovoljena za vojaške naloge, ki niso v nasprotju s predpisi o zračni plovbi.
Za vojaške zrakoplove ministrstva se smiselno uporabljajo predpisi, ki urejajo civilno zračno plovbo, razen če ni s posebnimi predpisi določeno drugače.
Vsak zrakoplov je lahko vpisan samo v en register. Če je zrakoplov že vpisan v enega od obeh registrov, se vpis v drugi register lahko izvrši samo ob predložitvi dokaza o izpisu iz registra, v katerem je bil pred tem zrakoplov vpisan.