Določbe 16., 34. in 35. člena tega zakona se začnejo v delih, ki se nanašajo na sodno takso, uporabljati 1. januarja 2009, do tedaj pa se glede povprečnine uporabljajo dosedanji predpisi.
V postopkih z zahtevo za sodno varstvo zoper odločbe o prekrških s področja varstva konkurence, ki so bile izdane do uveljavitve tega zakona, odloča sodišče, ki je pristojno za odločanje o zahtevi za sodno varstvo po dosedanjih predpisih.
Odločbe sodišča, ki so bile do uveljavitve tega zakona izdane na podlagi drugega odstavka 65. člena zakona ali v rednem sodnem postopku, vroča sodišče ob smiselni uporabi določb zakona, ki ureja splošni upravni postopek, in jih izvrši po dosedanjih predpisih. Odločbe sodišča, ki so bile do uveljavitve tega zakona izdane na podlagi prvega in četrtega odstavka 65. člena zakona, pa do tedaj še niso bile vročene, vroča prekrškovni organ po določbah zakona, ki ureja splošni upravni postopek, in jih tudi izvrši.
Določbe 33. člena tega zakona se ne uporabljajo za ugovor zoper sodbo, izdano v skrajšanem postopku do uveljavitve tega zakona.