Sekundarijat se opravlja pod vodstvom nadzornega in neposrednega mentorja. Nadzorni mentor je lahko predstojnik oddelka, fakultetni učitelj, višji svetnik, svetnik, primarij ali specialist z najmanj petimi leti praktičnih izkušenj po opravljenem specialističnem izpitu. Neposredni mentor je specialist določene stroke.
Nadzorni mentor lahko odgovarja za največ tri zdravnike sekundarije hkrati, neposredni mentor pa samo za enega.