Strokovne komisije so stalne in občasne. Strokovne komisije pripravljajo predloge gradiv za seje. Pri tem sodelujejo s predsednikom sveta. Pri fundaciji delujejo naslednje stalne strokovne komisije:
-
komisija za vrhunski šport,
-
komisija za interesno športno vzgojo otrok in mladine, športne dejavnosti študentov in športno rekreacijo,
-
komisija za gradnjo športnih objektov,
-
komisija za raziskovanje in razvoj športa,
-
komisija za založništvo v športu.
Fundacija ima tudi občasne strokovne komisije: razpisno komisijo, komisijo za pripravo aktov idr.